Bacanora se ubica en el oriente de Sonora, colindante con Sahuaripa, Arivechi, Yécora y Soyopa. Antes de la llegada de los misioneros, el territorio estaba habitado por indios ópatas y jobas. Su nombre, de origen ópata, significa "ladera de carrizo".

El jesuita Pedro Méndez fundó el pueblo en 1627, dentro del esfuerzo misionero que la Compañía de Jesús extendió por el oriente sonorense durante el siglo XVII.

Bacanora se erigió como Municipio Libre en 1916, por el Decreto 64. En 1930 fue suprimido y anexado al municipio vecino de Sahuaripa; dos años después, en 1932, la Ley 138 lo devolvió a su condición de municipio independiente.